Prenez Nadia, aide à domicile en micro-entreprise dans la Sarthe depuis six ans. Des douleurs de dos qui s'installent, un médecin qui prescrit un arrêt, puis des prolongations. Jusqu'ici, si son affection était reconnue comme affection de longue durée sans prise en charge à 100 %, l'Assurance maladie pouvait lui verser des indemnités journalières jusqu'à trois ans. Pour un arrêt prescrit à partir du 15 octobre 2026, ce sera un an.
Le décret n° 2026-867 du 16 septembre 2026, publié au Journal officiel du 18 septembre 2026, réduit de trois ans à un an la durée maximale d'indemnisation des arrêts de travail des travailleurs indépendants atteints d'une affection de longue durée dite « non exonérante », c'est-à-dire reconnue comme ALD mais sans prise en charge des soins à 100 %, pour les arrêts prescrits à compter du 15 octobre 2026.
La presse a surtout parlé des salariés, visés par un décret jumeau, le n° 2026-866. Voici ce que change celui qui concerne les artisans, commerçants et micro-entrepreneurs, et ce qu'il faut vérifier dans les trois semaines qui viennent.
Ce que change le décret du 16 septembre 2026, en clair
Le décret modifie une seule chose : la durée pendant laquelle l'Assurance maladie peut indemniser un arrêt long lié à une ALD non exonérante. Elle passe de trois ans à un an. Le montant de l'indemnité, le délai de carence et les conditions d'ouverture des droits ne bougent pas.
Pour comprendre, il faut rappeler la règle de base. Un arrêt maladie « ordinaire » est indemnisé au maximum 360 jours sur une période de trois ans. Les personnes en affection de longue durée bénéficiaient d'une dérogation : jusqu'à trois ans d'indemnisation. C'est cette dérogation qui est réduite pour les ALD non exonérantes. La nouvelle durée d'un an s'apprécie sur une période de référence de trois ans, et une nouvelle période d'indemnisation peut s'ouvrir après une reprise du travail d'au moins un an. Le même décret s'applique aux ministres des cultes, aux fonctionnaires de l'État et aux magistrats.
Quels indépendants sont concernés par la réforme des arrêts longs ?
Sont concernés les travailleurs indépendants dont l'arrêt est lié à une ALD non exonérante et dont l'arrêt est prescrit à compter du 15 octobre 2026, ou dont l'arrêt en cours atteint six mois à partir de cette date. Les personnes en ALD exonérante gardent trois ans d'indemnisation. Les arrêts courts, eux, ne changent pas.
ALD exonérante ou non exonérante : la distinction qui décide de tout
Une ALD exonérante est une affection de longue durée qui ouvre droit à la prise en charge à 100 % des soins qui y sont liés, par exemple certains cancers ou le diabète. Une ALD non exonérante est reconnue comme nécessitant un arrêt ou des soins prolongés, mais sans cette prise en charge intégrale. Selon le rapport Charges et produits 2026 de l'Assurance maladie, les dépressions légères et les troubles musculosquelettiques représentent chacun environ un tiers de ces situations.
Ce détail compte pour les métiers physiques : aide à domicile, artisan du bâtiment, agent d'entretien. Seul votre médecin traitant peut vous dire dans quelle catégorie se trouve votre situation, et c'est la question à lui poser si vous êtes déjà en arrêt long.
Et si je suis déjà en arrêt au 15 octobre ?
Une clause transitoire protège une partie des personnes déjà arrêtées. Si votre ALD non exonérante vous a été reconnue avant le 15 octobre 2026, l'ancien régime continue de s'appliquer jusqu'au terme des trois ans. En revanche, un arrêt en cours sans reconnaissance d'ALD à cette date, qui atteint six mois après le 15 octobre, bascule dans la nouvelle règle d'un an. Si vous êtes dans ce cas, prenez contact dès maintenant avec votre CPAM et votre médecin traitant pour faire le point sur votre dossier.
Combien touche un micro-entrepreneur en arrêt maladie ?
Un micro-entrepreneur touche une indemnité journalière égale à 1/730e de son revenu annuel moyen des trois années civiles précédant l'arrêt, versée à partir du quatrième jour. En 2026, elle est plafonnée à 65,84 € bruts par jour et tombe à zéro si le revenu annuel moyen est inférieur à 4 582 €. Il faut aussi justifier d'au moins douze mois d'affiliation continue.
Le point qui surprend : le revenu retenu n'est pas le chiffre d'affaires, mais le chiffre d'affaires diminué de l'abattement forfaitaire, soit 71 % pour la vente, 50 % pour les prestations commerciales ou artisanales et 34 % pour les activités libérales (BNC). Trois exemples, sur un chiffre d'affaires stable sur trois ans.
Nadia, aide à domicile en prestations de services, déclare 30 000 € de chiffre d'affaires par an. Son revenu retenu est de 15 000 €, soit une indemnité d'environ 20,55 € bruts par jour. Karim, plombier en micro-entreprise, déclare 60 000 € : revenu retenu de 30 000 €, soit environ 41,10 € bruts par jour. Julie, graphiste en BNC, déclare 40 000 € : après l'abattement de 34 %, son revenu retenu est de 26 400 €, soit environ 36,16 € bruts par jour. Ces montants supportent ensuite 6,7 % de CSG et de CRDS, ainsi que le prélèvement à la source de l'impôt sur le revenu.
Les trois premiers jours de chaque arrêt ne sont pas indemnisés, sauf exceptions comme une prolongation après moins de 48 heures de reprise, et l'avis d'arrêt doit parvenir à votre CPAM dans les 48 heures. Les professions libérales réglementées relevant d'une section de la CNAVPL suivent des règles propres, avec une indemnisation par l'Assurance maladie limitée aux 90 premiers jours : rapprochez-vous de votre caisse pour la suite.
Si vous venez du salariat ou du portage, l'écart avec votre ancienne couverture peut être important. Nous l'avions détaillé en décrivant ce qu'on perd en quittant le portage salarial.
🗓️ Ce qu'un indépendant doit vérifier avant le 15 octobre
Aucune démarche n'est obligatoire : le décret s'applique automatiquement. Mais trois vérifications permettent de repérer un éventuel trou dans votre protection et de le combler tant que vous êtes en bonne santé, seule période où l'on s'assure dans de bonnes conditions.
Relire (ou souscrire) un contrat de prévoyance
La prévoyance individuelle n'est pas obligatoire pour un micro-entrepreneur artisan, commerçant ou libéral non réglementé, mais c'est elle qui prend le relais quand l'Assurance maladie s'arrête. Dans un contrat, regardez la durée maximale de versement, la franchise (les jours non couverts en début d'arrêt), les exclusions ou conditions sur les affections du dos et les troubles psychiques, et le mode de calcul de l'indemnité. La règle de décision est simple : si votre contrat verse des indemnités au-delà d'un an, la réforme change peu de choses pour vous ; si vous n'avez pas de contrat et que votre activité est physique, alors c'est le moment de comparer des offres. En micro-entreprise, ces cotisations ne sont pas déductibles : le dispositif Madelin est réservé aux indépendants au régime réel.
Déclarer un chiffre d'affaires exact, trimestre après trimestre
Votre indemnité est calculée sur ce que vous avez déclaré à l'Urssaf : un trimestre oublié ou déclaré à zéro fait baisser la moyenne des trois ans, et donc chaque jour d'indemnisation. Avec Moze Connect, le livre des recettes est alimenté automatiquement par vos factures : le chiffre d'affaires du trimestre est prêt au moment de la déclaration Urssaf, sans reconstitution de mémoire.
Constituer une réserve de trésorerie
Entre les jours de carence et un versement tous les quatorze jours en moyenne, les premières semaines d'un arrêt pèsent sur la trésorerie. Une réserve couvrant un à deux mois de charges fixes reste le premier filet.
Qui s'occupe de vos clients pendant l'arrêt ?
Pendant un arrêt indemnisé, un indépendant doit cesser son activité : c'est l'une des conditions pour percevoir des indemnités journalières. La continuité auprès de vos clients doit donc être assurée par quelqu'un d'autre, et ce quelqu'un se trouve avant l'arrêt, pas pendant.
Sur Moze Connect, deux mécanismes y répondent. Le premier est l'apport d'affaires : vous, l'apporteur, déléguez la fiche d'un client à un pair de confiance, le bénéficiaire, avec une rétrocession fixée librement entre vous. Le bénéficiaire intervient et facture le client ; sa facture déclenche automatiquement la facture de commission de l'apporteur, réglée lors du rapprochement automatique des paiements via un prestataire de paiement sécurisé. Nous avons détaillé comment transmettre une demande à un pair grâce à l'apport d'affaires. Par prudence, si une commission devait vous être versée pendant l'arrêt, interrogez votre CPAM avant de la percevoir.
Le second est la mission à plusieurs : le chef de file émet le devis commun et le bordereau de facturation, chaque coéquipier retrouve sa facture générée automatiquement pour sa part et cotise sur son propre chiffre d'affaires. Si l'équipe existe déjà, un coéquipier peut reprendre la part de celui qui s'arrête sans que le client change d'interlocuteur. Pour choisir le bon montage, notre guide sur toutes les façons de travailler à plusieurs quand on est indépendant pose les critères un par un.
Le décret du 16 septembre ne vise qu'une partie des arrêts, mais il rappelle que personne ne prend le relais automatiquement. Un contrat de prévoyance relu, des déclarations exactes et un pair identifié à l'avance suffisent souvent à transformer un coup dur en parenthèse. Plus d'informations sur les outils de Moze Connect sur moze.fr.
Questions fréquentes
Un micro-entrepreneur a-t-il droit aux indemnités journalières en cas d'arrêt maladie ?
Oui, à condition de justifier d'au moins douze mois d'affiliation continue au titre de son activité et d'avoir cessé de travailler pendant l'arrêt. L'indemnité est versée par la CPAM à partir du quatrième jour. Elle est nulle si le revenu annuel moyen des trois dernières années, calculé après abattement forfaitaire, est inférieur à 4 582 € pour un arrêt débutant en 2026.
Combien touche un auto-entrepreneur en arrêt maladie en 2026 ?
L'indemnité journalière est égale à 1/730e du revenu annuel moyen des trois années civiles précédant l'arrêt, ce revenu étant le chiffre d'affaires diminué de l'abattement de 71 %, 50 % ou 34 % selon l'activité. Elle est plafonnée à 65,84 € bruts par jour en 2026. Par exemple, 30 000 € de chiffre d'affaires en prestations de services donnent environ 20,55 € bruts par jour.
Qu'est-ce qu'une ALD non exonérante ?
C'est une affection de longue durée reconnue par l'Assurance maladie comme nécessitant un arrêt de travail ou des soins prolongés, mais qui n'ouvre pas droit à la prise en charge des soins à 100 %. Selon l'Assurance maladie, les dépressions légères et les troubles musculosquelettiques en représentent chacun environ un tiers. Depuis le décret du 16 septembre 2026, leur indemnisation est limitée à un an.
Mon arrêt de travail en cours est-il concerné par la réforme du 15 octobre 2026 ?
Cela dépend de votre situation au 15 octobre 2026. Si votre ALD non exonérante a été reconnue avant cette date, l'ancien plafond de trois ans continue de s'appliquer. Si votre arrêt en cours atteint six mois après le 15 octobre sans cette reconnaissance préalable, la nouvelle limite d'un an s'applique. Votre CPAM et votre médecin traitant peuvent vous confirmer votre cas.
Peut-on travailler ou facturer pendant un arrêt maladie quand on est indépendant ?
Non. Avoir cessé son activité est l'une des trois conditions pour percevoir les indemnités journalières, avec l'incapacité de travail et la prescription par un médecin. Exercer pendant un arrêt expose au remboursement des sommes perçues. Pour ne pas perdre vos clients, organisez leur prise en charge par un pair avant l'arrêt et, en cas de doute sur une rémunération, interrogez votre CPAM.